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Thema: Ungereimtheiten in den Gendatenbanken?

  1. #1

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    Ungereimtheiten in den Gendatenbanken?

    In letzter Zeit mehren sich Hinweise auf mangelnde Plausibilität einiger, den Gendatenbanken hinterlegter Sequenzen.

    Hintergrund ist, dass einige Isolate, die in sehr grossem zeitlichen Abstand gewonnen wurden, sehr große Homologien aufweisen. Da allgemein vom Modell einer im Zeitverlauf (zumindest in einer gewissen Bandbreite) annähernd konstanten Genveränderung ausgegangen wird, wirft das Phänomen, dass zwei Sequenzen, im Abstand von einigen Jahrzehnten sich kaum unterscheiden, Fragen auf.

    Kommt es unter bestimmten Voraussetzungen zu einem evolutionären Stillstand, z.B. wenn sich die Viren in Eis oder anderen abiogenen Medien befinden?

    Ist die Anpassung an einen bestimmten Wirt z.B. Wasservögel irgendwann so perfekt, dass sich die Viren nicht weiter anpassen können und jahrzehntelang unverändert bleiben?

    Einige glauben (1,2), dass es schlicht um Laborfehler geht, z.B. Kontamination durch Laborstämme, die dann mitgemessen werden, oder um mutierte Impfstämme, die dann fälschlich als neu aufgetauchte Varianten interpretiert werden, die verblüffende Ähnlichkeit mit anderen, Jahre zuvor zirkulierenden Varianten aufweisen (3)

    Da Problem bezieht sich übrigens nicht nur auf Influenza Viren.

    (1) Anomalies in the Influenza Virus Genome Database: New Biology or Laboratory Errors? †
    (2) Phylogenetic evidence against evolutionary stasis and natural abiotic reservoirs of influenza A virus.
    (3) Previous H1N1 influenza A viruses circulating in the Mongolian population.

  2. #2

    RE: Ungereimtheiten in den Gendatenbanken?

    eigentlich kommt das nur bei Vgeln vor oder Schweinen, nicht bei
    Menschen.
    Mit einer spektakulären Ausnahme : das Virus das die 1977-semi-Pandemie verursachte war eigentlich schon ausgestorben
    ueberlebte aber ca. 25 Jahre ohne sich zu veraendern.
    Viele glauben : in einem Chinesischen Labor

    Seidem haben wir wieder H3N2 und H1N1 und B.

    Liste von merkwuerdig wenig veraendernten Viren ueber Jahre:
    http://www.setbb.com/fluwiki2/viewto...forum=fluwiki2

    http://www.setbb.com/fluwiki2/viewto...forum=fluwiki2

    juengstes spektakulaerstes Beispiel ist das H5N1-Virus aus Ungarn/Suffolk
    von 2007, siehe diesen thread:

    http://www.huehner-info.de/huefo/att...chmentid=13936

  3. #3

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    Die beschriebene Persistenz von PR8 in der Mongolei ist Fall beim Menschen.

    Ich halte es nicht für sicher, dass Worobys Einschätzung zutreffend ist.

  4. #4
    > The mutational and evolutionary rates of the Mongolian strains
    > seem to be significantly lower when compared to the rates
    > of human influenza A strains isolated in other parts of the world.
    > This might indicate that these rates depend to a certain extent
    > on the population density. Thus, viruses from remote areas
    > might keep the potential to reappear in the human population
    > after several years to cause a pandemic as it had happened in 1977.

    ahh, das war 1996. Seitdem sind eine Menge Viren sequenziert worden
    und die Mutationsraten sinf ziemlich konstant bei Menschen-Grippe.

  5. #5

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    Das wurde schon öfter thematisiert. Immerhin folgt er beachtlicherweise nicht der biological clock Theorie, sondern macht sich Gedanken über die möglichen Faktoren. Wenn man an copy choice glaubt, warum nicht an varaible Geschwindigkeiten?

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