Vorraussetzung für Recombination ist nach jetziger Kenntnis eine Doppelinfektion mit zwei verschiedenen Virentypen in ein und derselben Zelle. In ausnahmefällen mag auch eine fehlerhafte Ablesung an der "falschen Stelle" eine Rolle spielen. Also:


ATGAAAGTGCCTAAAGTTGAATTAATTGTGGTTGT= Virus 1
ATGCAAGTGACTTAATATGAATTAATTGTGATTGT= Virus 2
ATGAAAGTGACTTAATATGAATTAATTGTGGTTGT= recombiniertes Tochtervirus
Das Tochtervirus enthält überwiegend Genmaterial von Virus 1 (=rot) mit Ausnahme eines kurzen Bereichs, der "versehentlich" von Virus 2 eingefügt wurde (unterstrichen). So kann es ganz schnell zu einer Otpimierung der Virus Fitness kommen, ohne dass lange Perioden von zufallsbedingten Mutationsprozessen abgewartet werden müssen.

eine solche Recombination ist im alignment leicht am plötzlichen Auftreten zahlreicher Änderungen ("Mismatches) bei, in den übrigen Bereichen bestehender, grosser Übereinstimmung zu erkennen.

Über die Bedeutung dieses Mechanismus gehen die Meinungen hochgradig auseinander, Die meisten, wie Webster glauben, dass R ziemlich selten ist, und die meisten Änderungen Zufallsmutationen sind.
Andere, wie Niman glauben, dass dies die Haupttriebfeder der Virusevolution ist, der nicht zufallsbedingt, sondern sogar steuerbar ist, (sog copy choice).

Wir werden diesen Disput nicht beantworten, allenfalls eine Meinung bilden können. Sicher ist, dass Rekombination vorkommt und einige unzweifelhafte Fälle dokumentiert sind.

Diie interessantere Frage ist, wie die Analysepraxis mit Doppelinfektionen umgeht. Ich denke mal, wenn für Virus 2 der Primer nicht passt, wird eben nur Virus 1 nachgewiesen. Kommt es beim zweiten Durchlauf zu einem anderen Ergebnis (was richtig wäre) so wird das als Fehler gewertet und verworfen. Vielleicht kommt es bei der RNA extraction schon zu Problemen.

Meinungen?