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Thema: Recombination, Grundlagen, Stellenwert

  1. #21

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    das wollte ich doch gerade vermeiden (und vermutlich viele andere auch). Das dauert Stunden.

    Wir brauchen mehr kurze Zusammenfassungen !
    We need summaries !

    soll LP nach HP mutiert sein ?

  2. #22
    Avatar von Tadorna
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    Na ja, Arbeiten, über die man redet, sollte man schon gelesen haben, das dauert miestens auch keine Stunden.

    Der "Clou" ist das "Schlüpfen" der RNA Polymerase an einer RNA Schlinge, die in der Cleavage Region auftritt, was zu einer Doppeltransscription der basischen AA führt. Was das hinsichtlich Pathogenität bedeutet, dürfte bekannt sein.

  3. #23

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    und, glaubst du an diese Schluepftheorie ?

    Warum passiert das dann nicht oefter ?
    Warum nur an der cleavage site ?

  4. #24
    Avatar von Tadorna
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    Was ich glaube, ist reichlich uninteressant.

    Die Hypothese gibt aber zumindest eine sehr plausible Erklärung.

    Übrigens wurde die Theorie bisher kaum kontrovers diskutiert.

    Warum passiert das dann nicht oefter ?
    Ich weiss nicht ob das so selten vorkommt. LPAI > HPAI Übergänge gelten ja als nicht so selten und sind Grundlage für die Keulvorgaben bei LPAI Epidemien.

    Warum nur an der cleavage site ?
    Wirklich nur an der cleavage site? Wodurch könnte denn die Stalk deletion im NA (meist bei Übergang auf Hühner) zustandekommen? Könnte auch so was ähnliches sein. Vemutlich sind nicht alle Regionen so genau in ihrer Sekundärstruktur untersucht wie die Cleavage site.

  5. #25

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    bei anderen LP-->HP Uebergaengen sind aber andere Mechanismen
    angenommen worden, soweit ich weiss.

    Stalk _deletion_ ist nicht eine Verdopplung einer Teil-Sequenz
    wie hier vorgeschlagen

    Ein Einschub von 6 Nukleotiden wie hier kommt bei 50000
    anderen oeffentlich zugaenglichen Grippe-Sequenzen
    mit insgesamt 50M Nukleotiden anderswo nicht vor,
    soweit ich weiss.

    Ich hab' mal email geschrieben an Perdue...


    -----------1----------------------

    Perdues emails kommen zurueck, ich kann die aktuelle email-Adresse nicht so
    einfach finden. Hab stattdessen an Garcia geschrieben

    Dann fand ich:

    > Insertion of two additional basic amino acids at the cleavage site has been observed
    > in many highly pathogenic AIVs and the possible mechanism of such insertion was
    > postulated previously (6, 23).

    in:

    http://jvi.asm.org/cgi/content/full/79/17/11412

    mit Referenz:

    23: Perdue, M. L., and D. L. Suarez. 2000. Structural features of the avian influenza virus
    hemagglutinin that influence virulence. Vet. Microbiol. 74:77-86.[CrossRef][Medline]

    -------------2--------------------

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1...?dopt=Abstract

  6. #26
    Avatar von Tadorna
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    Ich frage miche, welche. Reading error.

    Ein Ausfall von Nt's könnte ja demselben slipping Mechanismus unterliegen, z.B. Überspringen einer Schleife an der Basis. Das war gemeint.

    Es geht nicht um den "blossen Einschub" von Nucleotiden, sondern um eine Verdoppelung.

    Allerdings habe ich keine Zweifel, dass es den "einen" Mechanismus nicht gibt.

    Tatsache ist, dass die RNA transscription durch die PM von diversen Gegebenheiten gestört werden kann.

    Um zum Eingangsthema zurückzukommen. Für ein "copy choice" gibt es außer in einer Patentschrift nicht viel Belege und schon gar keinen Erklärungsansatz für den Mechanismus.

  7. #27

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    they didn't mention this possible doubling by the polymerase here:

    http://jvi.asm.org/cgi/content/full/75/9/4439

    Generation of a Highly Pathogenic Avian Influenza A Virus from an Avirulent Field Isolate by
    Passaging in Chickens

    In Chile 2003 a region from NP was inserted into HA


    wir haben ja HA1 und HA2, vielleicht macht ja die Polymerase eine Pause nach
    HA1 ? (oder kommt sie vom anderen Ende, keine Ahnung)
    Und dann sich da irgendwie was anlagern, bevor es weitergeht.
    Oder HA1 und HA2 werden ganz getrennt hergestellt und
    erst hinterher zusammengefuegt

  8. #28

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    PM=polymerase ? (private message,

    es gibt diese Rekombinationen anscheinend haeufig bei anderen Viren
    und Organismen

    Und bei Influenza gibt es mehrere deutliche Anzeichen,
    kaum vorstellbar dass das alles irgendwie Fehler sein
    sollen.

  9. #29
    Avatar von Tadorna
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    In der Arbeit geh es um die HA Veränderung durch schrittweise Mutation bei mehrfacher Passage in Luftsack und Hirn gewebe, mit nachfolgender Selektion von virulenten Stämmen, da sich nur diese in Hirn vermehren. Das ist aber rein experimentell, und kommt in der Natur nicht vor, sagen jedenfalls die Autoren.

    In der anderen Arbeit geht es aber um Verdoppelung eines kurzen segmentes.

  10. #30

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    angebliche,hypothetische "Verdopplung" nur 6 Nukleotide.


    In Texas 3 Nukleotide in Chile 20 oder so
    in Italien 2000
    British Columbia
    Mexico


    eine vollstaendige Liste mit LP-->HP Uebergaengen
    und vermuteter cleavage-Aenderung waere gut

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