Recombination, Grundlagen, Stellenwert

[gsgs]

wie kannst du da sicher sein ? ...knifflig...
OK. "etwas" ist wohl richtig. Aber wieviel ?

Ich denke man kann wohl zumindest sagen, dass
Reassortment eine viel groessere Rolle spielt als Rekombination
fuer Influenza-Evolution. (IMO)

[Tadorna]

Ausgehend von der Annahme, dass die Mutationswahrscheinlichkeit über das Genom (nicht völlig, aber) weitgehend gleich ist, stellt sich doch die Frage, wieso sich in einigen regionen die Mutationen häufen, während andere konserviert bleiben.

U.a. hieraus lässt sich schliessen, dass dies etwas mit viral fitness, also der Funktionalität zu tun haben muss. Im HA Molekül sind die funktionellen Bereiche nicht mit denjenigen Identisch, die die Epitope bilden. das ist ja die Krux.

[gsgs]

in HA ist es klar, dass wegen der Immunitaet im vorderen Teil
(HA1) mehr mutiert wird. Oder besser: mehr Mutationen ueberleben.

Dann gibt es einige Bereiche (z.B. in PA, glaub ich), die fuer das
Packen der Segmente verantwortlich sind,
hier werden Nukleotide erkannt und die muessen weitgehend konserviert sein.

Und dann haengen die Mutationen evtl. von der 3d-Struktur ab.
Manche Mutationen ueberleben vielleicht nur, wenn gleichzeitig in der
Naehe noch weitere Veraenderungen stattfinden

[Tadorna]

in HA ist es klar, dass wegen der Immunitaet im vorderen Teil
(HA1) mehr mutiert wird. Oder besser: mehr Mutationen ueberleben.

Ja, wichtig ist die Feststellung, dass mehr Mutationen (Reco eingeschlossen) die viral fitness nicht beeinträchtigen. Wieviele Mutationen in einem Organismus während einer Infektion entstehen und unbemerkt wieder untergehen, ist auch unbekannt.

Die weiter oben angegebenen Mutationen /Jahr beziehen sich ja nicht hierauf sondern auf (temporär jeweils stabile) Sequenzen, die über einen längeren Zeitraum beobachtet werden.

Das Hauptproblem und auch die Eigentümlichkeit der Influenza scheint jedenfalls zu sein, dass, v.a. im HA, die Epitope, also die immunologisch relevanten Regionen, funktionell keine Bedeutung zu haben scheinen, und deshalb sozusagen frei variierbar sind ohne Nachteil für das Virus.

Versuche, konservierte Regionen im HA für die Immunisierung zu nutzen, sind bisher ziemlich erfolglos geblieben.

Bei der gegen konservierte Regionen innerer Gene, v.a. NP, NS1, M1 gerichteten T-Zell Immunität ist das anders, aber diese ist weniger protektiv.

Und dann haengen die Mutationen evtl. von der 3d-Struktur ab.

Ja, ein bekanntes Beispiel ist die doppelt gelesene Schleife, sozusagen eine Stolpern der PM, in der Cleavage Region, die einer vermehrten Anordnung der Basen führt.
So wie es Suarez beschreibt, klingt es jedenfalls überzeugend.

[gsgs]

Ja, ein bekanntes Beispiel ist die doppelt gelesene Schleife, sozusagen eine Stolpern der PM, in der Cleavage Region, die einer vermehrten Anordnung der Basen führt.
So wie es Suarez beschreibt, klingt es jedenfalls überzeugend.

PM=polymerase ?
quote ? keyword ?
from this paper ?
http://www.cdc.gov/ncidod/EID/vol10no4/03-0396.htm

[Tadorna]

Nein, hier geht es um eine nicht hetrerogene Reco.

Sorry, ich meinte die Arbeit von Garcia und Perdue

[gsgs]

Mexiko 1994

HA - Mutationen:

http://magictour.free.fr/panflu/mexh5


cleavage:
1-8:KE
10-18:RKRK
15:RKRKRK
rest:RE

[Tadorna]

Der Clou an der Sache ich aber ein anderer. Da geht die Statistik am Kern vorbei

[gsgs]

fass doch mal kurz zusammen, was /wo der Clou ist !

hier noch die vollen genome von 12 mexikanischen 'Viren.
2 verschiedene HP : in Puebla und Queretaro

                                                   000000000000000000000000000000011111111111111111112222 0000000000000000000000000011111111111111111112222222 00000000000000000000000000000111111111111111111222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111 000000000000000000000000000111111 0000000000000000000000000000000000011111111111111 000000000000000000000000 0000000000000000000000000000000 
                                                   011122223333344445556666777788901233333444556668890022 0012223333344455666667889900111344666667778990111222 11122222333333444444566678899000001122344555567001 000001111112222222333333333444444555555555666667777777777788888899900000 011222333333344444455677899001233 0011112223333444455556778888899999900000011122222 012222334456667777888889 0011111122222233444445666666777 
                                                   447923580699914772891139237912007916789356012449963403 5832290266955666024593374703146748022385785020259124 24501778011377013489705792448155697828958045685784 788990112790113489123356668002459123345559355591123345789945558946701344 425479001346912456701826445261658 5617791890248035817880261234824456712278912800488 690678150622391168014679 5804588900577847334780556788049 
                                                   511884227013611478580760683208583375992885083244697705 7725813716901947072465195582387101879538924237410161 07963790359368884402332802861813020584928075912155 928142481555010485682322455364329766890499826970190621974573674964032346 030061095849613138473468187993906 6480245655295937444124261951380307685627916305358 859563386998970496591658 0903557303378415590926249748248 
-codon-position------------------------------------        1 1        112    2   2     2  1 1   1 1 1 11          1   11               2   2 1                    2 1 1  1 1  12     1 1 21 11 1   1 1   21 1 1   11111  111 1 121 1112 121211112211121 1212212212  1111212 111222111111 2 1        22             1   1     21121221121111111112 1211111111121112 111111 2111 2 21 1111111 12 1 1 1222 221222112211222  122221  2 1    
---Index-------------------------------------------AAGCTGACCCGCAGATCCGGGAATTAATCAAACTCTTTCAGGGCGAATTCGGTA AAACGTTAGCTATGAAAAAGGGTTCGCCAGCCGGAAATAGAGCCCGCTCCGG TCTTAAGATCGTGACCACACAGGTCTTAACGACGGCTGACAAGTTGACTC CACTTCCAGGGTAACTTAGTGCGGCGTCTATGTAGATAAAGTAGCAGGAAGCGGCTACTAAGGGTCCACCGG CAAAACTCGAGGGATTGCGTTAGGCCCGAGTCG GAGGGGATGACCCTTGCCCGAATGCAACAAGCACTCAACTTCGCAAATT GATCTGGGCCAGTCCAGCGTTTCG GGGTACTTAATGCTCGCTTACAAGCGCAGGG 
  1 >A/chicken/Puebla/231-5284/98 (H5N2)           G.A..AG...ATG.G...A.....------------------------------ .....CC...C...-------------------------------------- C.C.GG..CA..A....TGA------------------------------ ..........A...TCA.T..T..A.C..CCACGAG...T.AGAT...TGATA.T...CG.........TA. TGGG...T.GAAAGGC...CC------------ A.T.A...AG.T...A..TAG..A..GT...TG.....A.....C..CC ...........A.T.G..A....A A....TC..GA..CA.A..TATG.T..G.AA      456    216 ,    183    106      1:>A/chicken/Puebla/231-5284/98 (H5N2)           
  2 >A/chicken/Aguascalientes/124-3705/98 (H5N2)   G.A..A....ATG.G...A.....------------------------------ G....C...TC...-------------------------------------- C.C.GG..CA.......TGA------------------------------ T........AA...TCA.T..T..A.C..CC.CGAG.G.T.AGAT...TGATAAT...CG......T..TA. TGGG...T.GAA.GGC...CC------------ A.T.....AG.....A..TAG..A..GT....G.....A.....C..CC A.C...A.....CTTG.....C.A A....TC..GA..CA....TATG.T..G.AA      434    218 ,    161    108      2:>A/chicken/Aguascalientes/124-3705/98 (H5N2)   
  3 >A/chicken/Queretaro/14588-19/1995(H5N2)       .G..................T.....................A.A......... ...............C.T........T......................TA. ....G...C.....T...GA.........T.......A............ .......................A.............G........A........C.A....A..TT.T..A ....GT...............G....T..A... .....AG....T...A...A......G.....G................ ......AA...A..T...A..C.. ........CGA...G......TG....G...      141     51 ,    119     51      3:>A/chicken/Queretaro/14588-19/1995(H5N2)       
  4 >A/Chicken/Hidalgo/26654-1368/94 (H5N2)        .G.....A.....A.G....T.....G................T.........G ...............C........A...............T...T......A ...................................A........C...CA GCTGCTGG...GTG.........A.T.............................C......A......... ....GT...........T............... ......G....T........................G............ ------------------------ .A.CG..C...............A....A..      153     68 ,     46     44      4:>A/Chicken/Hidalgo/26654-1368/94 (H5N2)        
  5 >A/Chicken/Mexico/26654-1374/94 (H5N2)         .G.....A.....A.G....T.....G................T.........G ...............C........A...............T...T......A ...................................A........C...CA GCTGCTGG...GTG.........A.T.............................C......A......... ....GT...........T............... ......G....T........................G............ ----A------------------- .A.CG..C...............A....A..      154     68 ,     48     45      5:>A/Chicken/Mexico/26654-1374/94 (H5N2)         
  6 >A/chicken/Hidalgo/28159-232/1994(H5N2)        .G...........A.GT...TG.....................T.......... G..............N........A...............T...T......A ...................................A........C...CA .......................A.T..........C...A....G.........C......A......... ....GT...........T............... ......G....T........................G............ .G........G.....AA.C.... .A.CG..C...............A.......       55     40 ,     55     40      6:>A/chicken/Hidalgo/28159-232/1994(H5N2)        
  7 >A/chicken/Hidalgo/232/94 (H5N2)               .G...........A.GT...TG..------------------------------ G.............-------------------------------------- ....................------------------------------ .......................A............C...A....G.........C......A......... ....GT...........T...------------ ......G....T........................G............ .G........G.....AA.C.... -------------------------------      357    165 ,     28     24      7:>A/chicken/Hidalgo/232/94 (H5N2)               
  8 >A/chicken/Mexico/31381-7/94 (H5N2)            ......G..T..............------------------------------ ......C.......-------------------------------------- .............T......------------------------------ ....G....................................A..T.......AA...T..G........... ............A........------------ ..........T..........C...C.............C...T..... ..C.........C.T......... ...............................      336    130 ,     63     20      8:>A/chicken/Mexico/31381-7/94 (H5N2)            
  9 >A/Chicken/Puebla/8623-607/94 (H5N2)           ...A.....T..G.......A.G.CG.CTGGGTCTCCATGAA...GCGCTAAC. .TTTT...AA..CAG.GGGAAAAC.A.AGATTAATGCCGA.ATT.TTCTT.. .T.A..AG..A.ATTTG...CAACACCTG.AGAAT.G.TTGGAC.TGA.. ..........A....C.G...T........A............AT.A...ATAA..TT.......T..T..A ......A.A...A...A.A..GAATT.ACAATA ...AC.....T..CC.T....CA.TC..CG....C....C......G.. ----AA------------------ ..A.....CGA....ATCC............      277    183 ,    176    161      9:>A/Chicken/Puebla/8623-607/94 (H5N2)           
 10 >A/Chicken/Puebla/14585-622/94 (H5N2)          ...A.....T..G.......A.G.CG.CTGGGTCTCCATGAA...GCGCTAAC. .TTTT...AA..CAG.GGGAAAAC.A.AGATTAATGCCGA.ATT.TTCTT.. .T.A..AG..A.ATTTG...CAACACCTG.AGAAT.G.TTGGAC.TGA.. ------------------------------------------------------------------------ ......A.A...A...A.A..GAATT.ACAATA ...AC....GT.ACC.T....CA.TC..CG....C....C......G.. ----A------------------- ..A.....CGA....ATCC............      410    240 ,    154    145     10:>A/Chicken/Puebla/14585-622/94 (H5N2)          
 11 >A/chicken/Puebla/28159-474/95 (H5N2)          ....CA..T........A.A...G------------------------------ .......G...G..-------------------------------------- ...........C.T......------------------------------ ........AA.......G.CT.T....TC..A......G........A........TT..GA.AC..G.... ............A....TA..------------ .G...A.A.GT.T....T...C...C....AT.T.T.G.CCAA..G... A..A...TTTG.........C.T. ...........TT.A........A.TT....      350    174 ,     77     64     11:>A/chicken/Puebla/28159-474/95 (H5N2)          
 12 >A/chicken/Chis/15224/1997(H5N2)               ....CA..T........A.A...G......G..C......A.A.A.CG....C. ...TT..G...G....G........AT.GA....G...G......T....A. ...........C.T......CAA.A.C.GT.......A............ ........AA.......G.CT.T....TC........GG..C.....A........TT..GA.AC..G.... ....GT...........T........T...... .G...A.A.GT.T....T...C...C....A..T.T.G.CCAAT.G... A..A.A.TTTG.........C.T. ...........TT.A.T..T...A.TT....      261     96 ,    261     96     12:>A/chicken/Chis/15224/1997(H5N2)

die HP-Puebla Viren scheinen eine ganz andere Variante zu sein
und sind wohl nicht 1993/4 aus den anderen Viren "entstanden",
der gemeinsame Ahnherr liegt weiter zurueck.
Sie aehneln dem Chis/15224/1997

Indizien fuer Reassortment in Chis (NP) und 26654 (HA)

[Tadorna]

Lies doch einfach die Arbeit, da ist es ausführlich beschrieben.

Die Aneinanderreihung von Sequenzen bringt in diesem Zusammenhang nichts.