Ich habe mir den folgenden Artikel in Emerging Infectious Diseases mal näher angesehen:
http://dx.doi.org/10.3201/eid2105.141897
und habe mir ein paar Gedanken dazu gemacht. Danke GSGS für den Link.

Es handelt sich hierbei, um die Studie zum ersten Ausbruch in 2014 in einer Putenhaltung bei Heinrichswalde in Mecklenburg-Vorpommern. Die aufgeführten Autoren, sind überwiegend Mitarbeiter des FLI, daher sehe ich dieses als gutes Beispiel, wie bei einer Großhaltung vorgegangen wird und welche Daten erhoben werden. Ich gehe hier natürlich von der Richtigkeit der angegebenen Daten aus.

Zunächst stellt sich die Frage, wie ist ein Team aufgebaut, dass sich einer solchen Untersuchung annimmt. Auf Seiten des Fli sind hieran die Institute für Virusbiologie und Epidemologie beteiligt. Daneben auch ein Tierarzt des Institutes. Desweiteren waren 3 Wissenschaftler aus Singapoore beteiligt. Hinzu kommen zwei Mitarbeiter der Veterinärbehörde Anklam, sowie eine Mitarbeiterin des LLALF M-V Abt. Tierseuchendiagnostik.
Dazu noch Laboranten und "field workers" des FLI.

Es wurde sehr ausgiebig auf Lage der Haltung und den Beginn des Ausbruchs eingegangen.
Bei der Lagebeschreibung in der Einführung wird ein Trend deutlich, die Wildvogelthese hervor zuheben. Es wurde auf die Nähe zu einem Sammelpunkt für Wildvögel (Galenbecker See) hingewiesen.

Es waren zu Beginn des Ausbruchs 31.000 Puter eingestallt, die Puter waren 16 Wochen alt.
Der Beginn des Ausbruchs spielte sich in einem von drei Abteilen, des ersten Stalls ab, dieser befindet sich nahe des Eingangs zur Anlage. Insgesamt sind 2 Ställe in der Anlage. Hier konnte nach leichter Erhöhung der Todesrate an den ersten beiden Tagen, ein drastischer Anstieg in den folgenden Tagen festgestellt werden. Nach 6 Tagen waren von den ca. 4.000 Puten im Abteil noch ca. 300 Tiere am Leben. Mit 2 Tagen Verzögerung begann ein ähnliches Geschehen ebenfalls im 2. Abteil. Das dritte Abteil sowie die belegten Abteile im zweiten Stall zeigten zum Zeitpunkt der Tötung (Tag 6) keine klinischen Anzeichen.
Die Todesraten werden wie folgt angegeben:
1. Tag 0,5 %
2. Tag 0,5 %
3. Tag 18,4%
4. Tag 22,6 %

Der Schwerpunkt der Studie beschäftigt sich, wie erwartet, mit der Analytik des Genoms. Inklusive Tree, nimmt dieser Part mit Einordnung der Verwandschaftsbeziehungen gut 2/3 der Studie ein.

Sehr kurz wurde auf die verschiedenen Möglichkeiten der Eintragung, des Viruses, eingegangen, wobei es keinen eindeutigen Eintragsweg laut Autoren gibt. Direkt ausgeschlossen wurde ein Eintrag durch kontaminierte Eier, Küken, Wasser, Futter oder Einstreu. Es gab auch keine Fahrzeuge oder Personen ,welche im fraglichen Zeitraum Kontakt mit kontaminierten Farmen in Asien hatten. Nicht ausgeschossen wurde eine indirekte Kontamination von Wasser, Futter, Einstreu oder anderer Krankheitsherde durch Wildvögel, aufgrund der Nähe zu einem bekannten Rastpunkt für Wildvögel.

Es wird weitergehend ausgeführt, dass sich einige Tage vor den Ausbrüchen (Beginn 1. November) eine große Zahl Zugvögel auf den abgeernteten Feldern nahe an der Haltung beobachtet wurde. Kotproben, welche im Umfeld der Haltung gesammelt wurden, erwiesen sich als negativ auf H5N8.
(However) Eine Tupferprobe an einer auf Rügen am 17.11. geschossenen Krickente, war positiv auf H5N8.

Das Ergebnis hier zunächst im Original, falls ich bei der Übersetzung was falsch drehe:

The HPAI outbreak in northeastern Germany in November 2014 resulted from an HPAI (H5N subtype virus, represented by isolate AR2472/14, which is closely related to H5N8 subtype viruses that have hitherto been confined to the Far East. Fourteen unique coding mutations of AR2472/14 show differences between this virus and previous isolates from South Korea, but the mutations are shared with the re*cent H5N8 isolate A/duck/Chiba/26-372-61/2014 from Ja*pan. Epidemiologic and phylogenetic data collected so far are insufficient to establish definite pathways of introduction into Germany. All possible routes, including relay transmis*sion by subclinically infected wild birds, must be thoroughly examined. Enhanced active monitoring of sites frequented by aquatic wild birds and waterfowl is also recommended.

Der HPAI Ausbruch in Nordost Deutschland im November 2014, ging von einem HPAI Virus des H5N8 Subtypes aus. Dieser wird repräsentiert durch das Isolat AR472/14, welches engverwandt mit Viren des H5N8 Subtyps ist, welche bisher auf den Fernen Osten beschränkt war. Vierzehn Punktmutationen des AR2472/14 zeigen Unterschiede zwischem diesem Virus und früheren Isolaten aus Südkorea, aber die Mutationen werden geteilt vom kürzlich erzeugten H5N8 Isolat A/duck/Chiba/26-372-61/2014 aus Japan. Die bisher gesammelten epidemiologischen und stammesgeschichtlichen Daten, sind unzureichend, um einen Eintragsweg nach Deutschland festzulegen. Alle möglichen Wege, einschließlich staffelweise Übermittlung durch klinisch unauffällige Wildvögel, müssen ausführlich untersucht werden. Ein erweitertes aktives Monitoring an von im Wasser lebenden Wildvögeln und Wassergeflügel stark besuchten Orten ist ebenfalls empehlenswert.